1、保障肠菌有充足的食物
肠道菌群要健康生长必须有充足的食物保证，这些能够促进有益菌生长的食物称为益生元。
益生元主要是饮食中不能被人体消化的膳食纤维，这些不能被消化的膳食纤维可以在肠道中被有益的细菌消化分解，成为它们生存的营养来源。益生元主要存在于可溶性和不溶性纤维含量高的蔬菜、水果和粗粮中。
蔬菜中含有丰富的维生素、矿物质、植物营养素和可溶性纤维。所以蔬菜是菌群失调饮食中极其重要的食物，对调整菌群失调极为重要，最好每顿饭都要吃点蔬菜。但部分蔬菜中含有淀粉，最好每周只吃一两次。淀粉类蔬菜包括：土豆、山药等。非淀粉类蔬菜可以适量多吃。非淀粉类蔬菜包括：韭葱、芦笋、西葫芦、西兰花、茄子、蒜头、洋葱、菠菜、卷心菜、生菜、黄瓜等等。
水果也富含膳食纤维、维生素、矿物质和植物营养素，是调整肠道菌群不可缺少的食物。但与蔬菜不同，由于其含糖量高，所以每天不要食用过多水果。益生元含量多的水果有：大枣、柿子、葡萄、鸭梨、苹果、香蕉等。
粗粮中益生元含量丰富的主要有全谷物和豆类。
全谷物是指加工过后仍然保留谷物种子的所有重要部分与天然营养成分，包括全麦、小米、糙米、紫米、黑米、薏米、燕麦、大麦、藜麦、黑麦、荞麦、高粱、玉米、青稞等等。大多数全谷物含有高比例的不溶性纤维和可溶性纤维。全谷物可以成为饮食中的营养补充剂，但只能适量食用，每周大约 2～3 次。
豆类的豆皮中含有极其丰富的益生元，常见的豆类有：黄豆、绿豆、黑豆、蚕豆、红豆、豇豆、豌豆、刀豆、扁豆、芸豆等。生的豆类中含有人体不能消化的成分，因此不宜生吃，最好烹熟后再吃。
2、补充含有益生菌的食物
多吃发酵食品，发酵食品就是已经含有有益菌菌株的活培养物的食品。比如我们非常熟悉的有：酸奶、 奶酪、米酒、红酒、泡菜、酸菜、 味噌、豆豉等等。但要确保选择的食物是发酵而不是腌制。如果食物被腌制而不是发酵，那么它将失去其所有的益生元和益生菌的益处。酸奶最好是无糖或低糖酸奶，每天喝一杯红酒，四周后肠道菌群中有益菌的数量会明显增加，这可能与红酒中的多酚类物质有关系，多酚是一种强大的抗氧化剂。
二、调整生活规律，顺应肠道菌群生物钟
有研究显示，肠道菌群是随着生物钟而有周期性变化的。比如，在一天内肠道中乳酸菌数量的扩增和收缩，会随着时间的推移，表现出规律性的变化，而且这些肠道菌群的生物钟，会与寄生宿主的生物钟保持一致，因此正常的睡眠和饮食习惯，是维持肠道菌群节律波动所必需的。一旦人体生物钟发生紊乱，比如饮食规律改变、频繁环球旅行等，肠道菌群则会失去节律，从而引发宿主肥胖或糖尿病等代谢疾病。
三、补充微生态制剂
微生态制剂亦称微生态调节剂，能调节菌群失调，保持肠道菌群平衡。目前国际上将其分成三个类型，即益生菌、益生元和合生素。
1、益生菌：是指通过改善人体肠道菌群生态平衡而发挥有益作用，达到提高人体健康水平和健康状态的活菌制剂及其代谢产物。目前应用于人体的益生菌有双歧杆菌、乳杆菌、酪酸梭菌、地衣芽胞杆菌等。
2、益生元：是指能选择性地促进人体肠道内原有的一种或几种有益生菌生长繁殖的物质，通过有益菌的繁殖增多，抑制有害细菌生长，从而达到调整肠道菌群，促进机体健康的目的。常见的有乳果糖、蔗糖低聚糖、棉籽低聚糖、异麦芽低聚糖、玉米低聚糖和大豆低聚糖等。这些糖类既不被人体消化和吸收，亦不被肠道菌群分解和利用，只能为肠道有益菌群如双歧杆菌、乳杆菌等利用，从而达到调整肠道正常菌群的目的。
3、合生素：是指益生菌和益生元同时并存的制剂。服用后到达肠腔可使进入的益生菌在益生元的作用下，再行繁殖增多，使之更好地发挥益生菌的作用。
微生态制剂作为药物，应该在医生的指导下使用，原则上不能同时使用抗生素，特别是口服制剂，重症患者不能停用抗生素时，可加大微生态制剂的剂量和服药次数，也可加服益生元制剂。
四、合理使用抗生素
抗生素是一把双刃剑，可以导致菌群失调但也可以帮助控制菌群失调，所以一定要合理使用。如果是肠道细菌过度生长时，通常首选抗生素，常用药物：利福昔明、新霉素、甲硝唑或替硝唑、大扶康、制霉菌素等。因为在使用抗生素的过程中，特别应用广谱抗生素，会将益生菌和致病菌同时杀掉，对肠道菌群造成严重影响，破坏肠道菌群平衡。因此使用抗生素或者激素时，严格掌握适应证，最好能做药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。对高龄及病后体弱者，在用抗生素的同时并配合使用乳酸菌素或双歧杆菌活菌制剂，以防肠道菌群失调。
五、严重菌群失调可考虑粪菌移植
粪菌移植是将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群的治疗方法。研究表明粪菌移植可以防治肠道菌群失调。虽然目前该方法是一种实验性治疗方法，但随着随着检测技术的不断进步，粪菌移植可应用于更多肠道菌群失调相关慢性疾病的治疗。
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