要分析和判断色谱仪的故障所在，就必须要熟悉气相色谱的流程和气、电路这两大系统，特别是构成这两个系统部件的结构、功能。色谱仪的故障是多种多样的，而且某一故障产生的原因也是多方面的，必须采用部分检查的方法，即排除法，才可能缩小故障的范围。 对于气路系统出的故障，不外乎是各种气体(特别是载气)有漏气的现象、气体质量不佳、气体稳压稳流不好等。例如，基线若始终向下漂移，即“电平”值逐渐变小至负数，这极有可能是载气泄漏，那么就要查找各个接头部件是否有漏的现象，若不漏而基线仍漂移，则可能是电路系统的故障。 排除电路上的故障并非易事，需要分析工作者有一定的电子线路方面的知识，并且要弄清楚主机接线图和各系统的电原理图(尤其是接线图)。在这些图上清楚地画出了控制单元和被控对象间的关系，具体地标明了各接插件引线的编号和去向，按图去检查电路，找寻故障是非常方便的。 色谱电路系统的故障，一般是温度控制系统的故障和检测放大系统的故障，当然不排除供给各系统的电源的故障。 温控系统(包括柱温、检测器温控、进样器温控)的主回路由可控硅和加热丝组成，可控硅导通角的变化，使加热功率变化，从而使温度变化(恒定或不恒定)。而控制可控硅导通角变化的是辅回路(或称控温电路)，包括铂电阻(热敏组件)和线性集成电路等。因此，若是温控系统的毛病，应首先要检查可控硅是否已坏，加热丝是否已坏(断或短路)，铂电阻是否已坏(断或短路)或是否接触不良。其次检查辅回路的其他电子部件。 放大系统常见故障是离子讯号线受潮或断开、高阻开关(即灵敏度选择)受潮、集成运算放大器(如AD515JH、OP07等)性能变差或已坏等。
