就微生物实验室而言，它主要用于微生物、生物医学、生化、动物实验、基因重组、生物制品等方面的研究。有这类研究倾向的统称“生物安全实验室”
微生物实验室由三部分组成，即主要功能实验室、其它实验室和辅助功能用房。在确保人体、环境、废物、样品等方面的安全的前提下，生物安全实验室能够在长期、安全的条件下为实验室工作人员提供一个舒适、良好的工作环境。
微生物实验室应设为单独的区域，区别于其他实验室，门口设门禁谢绝无关人员，各部门合理布局，在不影响对方的前提下方便工作。在入口处设置集中式更间和培养室，根据具体情况，可设置不同种类的科室，数量也根据情况而定(如霉菌、细菌、固体、液体培养室等等)。
微生物实验室功能的具体分区 ：
(一)准备室——适用于培养基制备及样品处理等。具体设备有试剂柜、专柜、电源、电炉、冰箱、实验台等等。
(二)洗涤室——用于洗刷器皿等
有时，病原菌也因所用器具受到微生物污染而存在。所以，如果条件允许，把洗涤间设好。房间内要备有暖气、蒸锅、洗碗器用的盆、桶等，还要有各种瓶刷、去污粉、洗衣粉、肥皂等。
(三)灭菌室——即消毒室，针对的是实验室内一切的培养基和器具等，内设高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备。
(四)无菌室——是进行一切无菌操作的专用实验室
一般为4—5㎡、的独立小房间(与外间隔离)，专设于微生物实验室内，因为也是要进行实验研究，所以房间高度应为2.5m。另外无菌室也有接种功能，而接种菌种移植的过程又有极大的感染风险，所以无菌环境应该保证细菌纯净度，防止其他菌的污染。
微生物安全实验室的建设方案涵盖面很广，从建筑布局到气体供应，从电气设计到检测培训等，想要建设该类型实验室，也需要对口专业的实验室设计建设公司。