在养鸭的时候，对棚内的卫生要求也是非常高的，因为要是养殖棚内潮湿，鸭粪到处都有，则会导致棚内存在这种细菌，比较严重的还会引起鸭瘟、雏鸭肝炎病、鸭传染性浆膜炎、鸭巴氏杆菌病等疾病的发生，因此在养殖棚属于空棚的时候，就要彻底的进行一次大扫除。
一、清理鸭棚及运动场
1、移走料桶、饮水器、塑料网、竹排等饲养设备。
2、清除鸭粪及垫料、运至远离鸭舍的地方发酵处理，把棚内外打扫的干净。
二、高压水冲洗鸭棚，注意用电安全
在用高压水冲洗的时候，选择从上往下的方式，先冲洗干净的地方，在冲比较脏的地方，直到鸭舍表面没有污物为止，等鸭舍干燥之后，就可以消毒了。
三、检查维修鸭舍及设备
1、详细检查鸭棚、电线、灯泡、饮水器等，同时鸭棚自然通风干燥。
2、清除鸭棚外杂草杂物，清理棚外排水沟。
3、仔细寻找棚内、运动场及其附近是否有老鼠洞，如有应填平堵住出入口。
四、喷洒消毒
在消毒的时候，用3％到5％的火碱水，将鸭舍以及运动场里里外外都喷洒一遍。
五、铺垫料、安装设备
1、地面平养鸭棚：先撒一扁指厚的石灰面，上面再撒三指厚的晒干的干净河沙，设计育雏室时，沙上面再铺5厘米-8厘米厚的先晒干处理好的稻壳作垫料。
2、网上饲养：将消毒好的网架都铺好。
3、安装好消毒好的塑料围网、料槽、饮水器、挂好温度计。
4、鸭棚门口要设消毒盆，人员每次进入鸭舍前都要注意消毒。
六、鸭舍空棚熏蒸消毒
1、在熏蒸消毒的时候，关闭所有通风口，将棚内温度提高到20-25度，湿度在75%之内。对于发生过烈性传染病的鸭舍，育雏室每立方米空间福尔马林42mL，高锰酸钾21g。一般鸭舍每立方米空间福尔马林28mL，高锰酸钾14g。对于新的鸭舍棚，则可用福尔马林14mL，高锰酸钾7g进行熏蒸消毒。
2、每两间放置一个熏蒸瓷盆，在盆里面加入高锰酸钾和少量水，之后从离舍门远的盆开始倒入福尔马林，速度要快，出来后立刻将门封严。
3、熏蒸时间越长，消毒越好，因此最短时间不少于一天，在消毒之后，打开通风口通风一两天，直到空气中没有味道时就把通风口先关闭，等养鸭的时候在启用。
