随着农业的发展，微生物技术在农业上的应用范围加大，效果也是非常显著，动物粪便与作物秸秆是动物养殖与作物种植中的副产物，如何处理这些废弃物让当初所有农业工作者都头疼的问题，而现在利用微生物技术可以将这些废弃物变废为宝，换一个领域大放光彩。
如何处理动物粪便是所有养殖者都关心的问题，粪便中含有大量的重金属、氨气、有害病杂菌、寄生虫卵等有毒有害物质，流入到水体或*壤中会对环境造成极大危害，粪便中的臭味也会影响到附近居民的正常生活，因此，国家对养殖场的卫生标准非常严苛，稍有不慎就要停业整顿，甚至被有关部门查封，影响圈舍卫生环境的主要因素还是粪便。
对于一些中小型企业来说粪污处理设备投入太高，只得另寻出路。利用微生物发酵技术对粪便进行发酵，在发酵过程有益微生物可将粪便中的有毒有害物质消除，使有机肥更加安全，成为优质的有机肥料，就算自己用不到，这样的肥料在市场上至少能够以每吨五百元的价格出售，将原本需要需要经费才能处理的废弃物变成能够为养殖者带来额外收入的“聚宝盆”。
玉米杆、麦秆等秸秆在种植业上与粪便原本的地位差不多，直接还田会增加*壤中的有害病杂菌数量，直接焚烧会对环境造成极大的危害，所以被国家明令禁止。
微生物技术也同样可以运用在废弃秸秆的发酵上，制作成有机肥，可将原料完全腐熟，不会造成烧根烧苗现象，还能直接为*壤提供大量有益微生物，维持*壤环境的微生态平衡。除此之外秸秆还能发酵成优质的动物饲料，经过发酵的秸秆饲料适口性更好，利用率更高，可代替部分精饲料，降低养殖过程中的饲料成本。
粪便与秸秆原本处理起来非常麻烦，稍有不慎就会对环境造成极大的危害，处理的成本也较大，但通过微生物技术，可将原本让人头疼的废弃物变成优质的肥料与饲料，不仅解决了处理难题，还能为农业工作者提供额外的收入来源，提高经济效益。
