在中国，已知最早的瘟疫记载和瘟疫概念的形成始于殷商。
晚商时，甲骨文刻辞中有很多指代人体部位的字，如首、耳、鼻、口、舌、齿、肱、臀、趾等，以及唯一一个出现的脏器——心。与此相对应，刻辞中也出现了一些以人体部位为基础的疾病或症状的命名，如用“疾”字与人体部位组词，有疾首、疾耳、疾口、疾舌和疾目等。
甲骨文“疫”字
殷人当时已经具有了将疾病划分为非传染性疾病、传染性疾病和瘟疫的常识。时人以“降疾”“雨疾”描绘传染病、流行病的传播或大量传播。
商周是中国瘟疫流行的萌芽期，这一时期，随着内外交流的增多、城市规模的扩大，瘟疫开始在人口密度较大或人员流动性较多的军队、城市中传播。不过，可能由于瘟疫规模较小，加之文献记载简略，或是具体时间难于判断，或是在疾病特征方面记载得含糊不清，几乎没有能够明确判断时间或界定瘟疫性质的瘟疫传播或疫灾暴发事件。
能够明确瘟疫流行的时间和主要疫区范围的历史记载始于春秋战国。据龚胜生、刘杨、张涛《先秦两汉时期疫灾地理研究》一文，春秋战国大规模的疫灾主要有8次，但流行和暴发的规模都比较小、频率较低，瘟疫、疫灾延续的时间也比较短暂，对人口和社会的破坏力远不如同时期频发的战争更加直接。
秦汉是中国瘟疫流行、疫灾暴发的高发期，这一阶段，瘟疫流行的频次逐渐提高，疫灾的范围及延续时间不断扩大、增长，直到东汉末年至西晋，到达中国古代疫灾暴发的极峰。
中国古代史中，几乎没有真正的农民起义。那些暴动的人大多不是农民，而是流民。他们敲响旧王朝丧钟的方式往往不是战争，而是饥荒引发的大瘟疫和瘟疫引发的大饥荒。
当时，随着丝绸之路的开通，两汉对西域的经营开启了东西方文化交流的新纪元。使节、商队，朝贡贸易的人口迁徙成为常态，东方与西方，中国与域外文明之间不再相互隔绝，相互孤立，这对于文化和文明的积极影响固然是不言而喻的；但同时，人口的迁徙、外来人口的迁入势必带来外来传染病传入的潜在威胁。
此外，一百三十余年的汉匈战争横跨两汉，虽然最终以汉朝的胜利而告终，但由其引发的南匈奴内化和匈奴西迁则导致了极大规模的人口迁徙和民族融合。这个在两三个世纪内，通过丝绸之路这一亚欧大通道实现的超大规模、超大跨度的人口迁徙已为某些高致病性、高死亡率的传染病实现全球性暴发提供了可能性。
而就秦帝国、汉帝国国内而言，秦汉所实行的县制或郡国制，相比西周的分封制更能有效地将地方权力收归中央，确保大一统的政治格局。中央与地方更加紧密的联系势必有赖于频繁的人员往来。再加上秦汉普遍实行的各种戍边政策、军屯移民，使得边境与内地、中央与地方之间的人口迁徙无论在规模上还是频率上均属空前。这就为全国性的瘟疫传播和疫灾暴发提供了传播媒介。
汉献帝建安年间，疫灾记录达到了秦汉时期的最高峰。从建安十三年（208年）至建安二十四年（219年）的11年间，历史文献中记载的疫灾次数高达7次，而除此之外，在时人创作的文学作品当中，同样保留了大量的疫灾描述。曹植在《说疫气》中云：“建安二十二年（217年），疠气流行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。”王粲的《七哀诗》也说：“出门无所见，白骨蔽平原。路有饥妇人，抱子弃草间。顾闻号泣声，挥涕独不还。”
建安二十二年，曹植在许昌，故《说疫气》所指疫灾地应当暴发在许昌。而王粲卒于建安二十二年，该诗则作于长安市郊，故《七哀诗》中所说的大疫灾则是暴发在关中。
新石器文化类型特征的差异性表明部落之间缺乏密切的交流。流行病可以轻而易举地让某个部落消失，却无法通过人的迁徙改变人类文明的进程。所以，没有文明就没有瘟疫。
建安瘟疫流行区域之大、疫灾范围之广，可谓空前。著名的“建安七子”，竟有五人因感染瘟疫亡故，惨状令人唏嘘。而如果从瘟疫史的角度上看，建安大瘟疫既可以被看作是魏晋南北朝这一中国古代瘟疫活跃时期来临的时代序幕，同时也可以将魏晋南北朝持续暴发的大瘟疫视作建安瘟疫的延续。一种传染性极强、致死率极高的，并且能够实现大规模人际传播的传染病在人口基数足够大的区域内长期流行，这样的案例在人类历史上并不罕见。其中，最为典型的就是欧洲的黑死病。黑死病造成的疫灾1348年漫延到意大利佛罗伦萨，在欧洲肆虐了大约300年才结束。如果东汉末年暴发的疫灾也是由类似的病原体引发的，那么建安大瘟疫及其之后魏晋南北朝的疫灾高发也就顺理成章了。
目前，学界对建安疫灾、建安大瘟疫中流行的传染病类别的判断大体上有三种观点：第一种观点是流行性感冒说，第二种观点是克里米亚-刚果出血热说，第三种观点是鼠疫说。这其中，克里米亚-刚果出血热和鼠疫这两种观点都具有相当合理性。
现代医学研究表明，距中原地区最近的克里米亚-刚果出血热的自然疫源地在中国新疆的巴楚地区，因此，必须有证据表明，建安大瘟疫的中心疫区关中地区在秦汉时期与西域有直接的往来，必须存在某种媒介将出血热病毒传入关中。
两千年后的今天，我们只道张骞通西域开辟了丝绸之路，可是又有谁还知道，丝绸之路不过是大瘟疫时代里贵族求生的意外发现，汉武帝贪图的其实只是西王母手中的不死药。
一直以来，人，或者说是汉匈战争中的汉军，都被认为是将出血热病毒自西域传到关中地区，进而在全国传播的主要媒介。但实际上，出血热从西域传入关中地区的传播过程，其直接原因虽然是汉匈战争，但真正将出血热传入汉地的主要媒介并非汉军，而很可能是随军进入汉地的动物。
汉军屡次与匈奴战争，除斩杀敌人，还会俘虏战俘，并获得大量的牛、羊、马匹等牲畜。而汉军每次俘虏的人口不过数千人，但获得的牲畜少则数十万头，多则百余万头。获得的牲畜是人口的数十倍，甚至数百倍。这些牲畜作为战利品，连同战俘一起都被汉军带回了汉朝。《后汉书》《东观汉记》等史料中就都曾记载有耕牛瘟疫的记录。
据《后汉书·肃宗孝章帝纪》载：“是岁，年疫。京师及三州大旱。”这一年还发生了人类的瘟疫以及京师和三个州的旱灾。此外，在此之前，汉光武帝建武二十七年（公元51年），也曾发生过人畜共同因感染瘟疫而死亡的事件，而且，这次事件发生在匈奴境内。
人和牲畜同时感染了某种流行病，并且都因染疫而死，这说明建武二十七年匈奴境内流行的传染病不仅具有极高的致病性和致死率，而且还是一种人兽共患病。事实上，匈奴可能一直以来就面临着感染致死率极高的人兽共患病的威胁，匈奴人很可能已经对此积累了一定的应对经验。例如汉匈战争中，匈奴曾采用“巫埋羊牛”的方式阻挡汉军。匈奴人把巫“诅”过的牛羊的尸体置于汉军饮水取水的水源上游。这些被巫“诅”过的牛羊的尸体如果真能阻止汉军，那么所谓的巫“诅”一定不会是某种神秘主义的巫术仪式，而是试图用因感染具备人兽共患特征的传染病而疫死的牛羊的尸体去传染汉军，使瘟疫在军中传播。
而在历史上，汉军军中瘟疫暴发的记载确实非常丰富。
这些瘟疫之所以能够传入军中，不仅因为匈奴的故意设计，汉匈战争中，汉军自身的补给战略和军事习惯同样有利于人兽共患病在军队中的传播。如《汉书·卫青霍去病传》载：“骠骑将军（霍去病）……登临瀚海……取食于敌，卓行殊远而粮不绝。”霍去病军中的食物补给主要依靠缴获匈奴的食物，而并非自汉地运至匈奴。匈奴以游牧为生，汉军所缴获的食物，显然也都是牲畜。
《黄帝内经》
因此，综上所述，一种或一些人兽共患、致病性高、致死率高的传染病在汉匈战争的背景下，主要通过作为战利品的牲畜，也通过一部分汉军辗转自匈奴治下的西域传入汉地中原关中地区。每次少则数十万，多则百余万头的牲畜，其庞大的数量足以支持这种传染病在不同环境下活跃或休眠，而不至于因传播媒介、宿主动物的全部死亡而结束传染病的“内迁”。
那么，克里米亚-刚果出血热作为人兽共患、高致病性、高致死率的传染病，在理论上可以通过汉军缴获的牲畜及汉军自身完成从西域的自然疫源地进入汉地中原关中地区，加之克里米亚-刚果出血热的临床症状和死亡率等重要特征与建安大瘟疫中有限的文献记载并无明显冲突，所以克里米亚-刚果出血热具备引发建安大瘟疫的可能性。
此外，建安大瘟疫中所流行的传染病也极有可能是鼠疫。张仲景所著《伤寒论·序》中所叙述的族人感染的瘟疫，也就是建安大瘟疫，即《伤寒论》中所说的伤寒。而《伤寒论》在发病上有传经、直中、合病、并病和坏病等论述，这可与鼠疫类型的腺型、肺型、败血症型、扁桃体型、脑膜炎型等相统一。
除了从对《伤寒论》与建安大瘟疫之间关系的研究所提出的系列证据外，其实，隋太医令、太医博士巢元方所撰《诸病源候论》也可以作为证实建安大瘟疫中所流行的传染病是鼠疫的重要证据。
唐代木版彩绘《鼠神图》
此外，与克里米亚-刚果出血热相比，鼠疫的人际传播速度更快，而且鼠疫，特别是肺鼠疫的致死率也更高，又很容易在数百年内反复流行。这一点，在欧洲中世纪黑死病的传播上已经得到了充分证实。
鼠疫的这些流行病特征、临床症状与东汉末期的建安大瘟疫的文献记载高度吻合，这不仅为建安大瘟疫中流行的传染病种类是鼠疫的论断提供了依据，也为此后魏晋南北朝瘟疫流行、疫灾暴发进入空前的活跃期做出了合理的解释。不过，虽然和克里米亚-刚果出血热相比，鼠疫的特征可能更符合建安大瘟疫的相关历史记载，但实际上，这两种传染病的流行很可能并不冲突。
在水旱灾害频发、战争频繁的特殊历史时期，国家面临社会性的健康危机和公共卫生危机，多种传染病共同流行的现象是非常普遍且合理的。而且，因战争和饥荒导致的逃荒，使固有的、相对独立的、不同传染病的自然疫源区和疫区相互连通，多种传染病的大范围暴发往往更符合古代历史中瘟疫高发期的实际情况。总之，建安大瘟疫是秦汉时期瘟疫流行、疫灾暴发的高峰，也是秦汉时期瘟疫长期流行的最终结果。
——摘自《大瘟疫：病毒、毁灭和帝国的抗争》
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《大瘟疫：病毒、毁灭和帝国的抗争》
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