对于胃肠功能紊乱，经常可以选用调节胃肠功能的药物，如曲美布汀或匹维溴铵来缓解腹泻或腹痛，特别是痉挛性腹痛的表现；对便秘的患者，可以加用促胃肠动力的药物，如莫沙必利或普芦卡必利等药物治疗。腹胀气比较多，消化不良，大便比较稀、有脂肪泻的表现，可以加用米曲菌胰酶片或复方消化酶，同时可以加用益生菌，如常乐康或培菲康进行辅助治疗，不少胃肠功能紊乱的患者可能合并有焦虑、抑郁等精神类疾病，可以加用精神类的药物，如黛力新或文拉法辛辅助治疗。
临床上如果出现了胃肠道功能性紊乱，表现为腹痛、胃胀、腹泻或便秘，有的病人表现为腹泻和便秘交替出现，同时有些病人伴有腹鸣、进餐后腹泻的表现，病人有时候出现腹胀气比较多，排气多的症状。
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