糖皮质激素最主要的副作用是导致代谢的紊乱，其中包括水、盐、糖、蛋白质以及脂肪三大代谢物质的代谢紊乱，患者可以表现为医源性库欣综合征，其中表现为向心性肥胖、满月脸、水牛背、痤疮、多毛、高血钠、低血钾、高血压、水肿、高血脂、高血糖，或者在原有糖尿病的基础之上，使糖尿病病情加重。
另外，糖皮质激素还可以抑制下丘脑-垂体-性腺轴导致闭经，糖皮质激素还可以使肌肉消瘦、无力，出现骨质疏松以及股骨头坏死和精神、神经的症状，糖皮质激素增多还可以引起肾上腺皮质功能的减退，甚至萎缩。
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