马凡综合征目前尚无特殊治疗办法，主要是对症治疗。
如果患者患有先天性心血管疾病，例如主动脉有瘤或心脏瓣膜疾病，因为酌情考虑手术治疗，药物治疗一般效果不明显，但对于合并心功能不全和心律失常，患者应进行内科治疗。
合并有鸡胸，漏斗胸者，应行外科矫治。
眼科的问题，例如晶状体脱位或者半脱位，也是可以行手术治疗的。
也有研究发现应用雄激素及维生素对该疾病也是有好处的。
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