做肠镜检查可以检出肠道炎症，肿瘤，憩室，血管病变等。如肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病，结直肠息肉，结直肠癌，缺血性肠炎，结肠憩室，神经内分泌肿瘤，脂肪瘤，间质瘤等。
除了诊断，在肠镜直视下，可对各种出血病变进行止血治疗。对较小的或有蒂的息肉等良性肿瘤可采取圈套、电凝等将其完整切除。对较大的良性肿瘤及早期癌可根据情况行肠镜下粘膜切除或剥离术治疗。肠镜治疗减少了很多原本需要进行的开腹手术，使治疗更为精准和微创，有利于减少并发症、医疗费用及住院日。
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