慢性肠胃炎主要会出现腹痛，腹胀，腹泻，便秘，或腹泻与便秘交替等症状，严重的慢性肠胃炎会出现发热，营养不良等全身症状。主要是由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用引起。慢性肠炎，主要包括肠结核，溃疡性结肠炎和克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌引起的慢性肠道炎症。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，主要是由多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症，具有遗传倾向，其一级亲属发病率显著高于普通人群，患者配偶的发病率不增加。多种微生物参与了炎症性肠病的发生与发展，抗生素或微生态制剂对某些炎症性肠病患者有益。
炎症性肠病的发病机制是：环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动了难以停止的发作与缓解交替的肠道天然免疫与获得性免疫反应，导致肠黏膜屏障损伤，溃疡经久不愈，炎性增生等病理改变。
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