贲门间质瘤早期常无症状，少数患者可以有饱胀不适、消化不良等轻微症状，不容易引起重视，常被认为是普通胃炎而被忽视。
随着病情进展进入中期，患者可出现吞咽困难的症状，还会出现上腹痛，部分患者还可以出现贫血，厌食，上腹触及包块等。胃癌的疼痛，常无规律性，与进食无关，主要位于左上腹，少部分可因伴有胃溃疡表现为进食痛。
晚期可出现上腹疼痛程度加重，并可出现呕血，血便，恶病质等。少量出血，表现为黑便，如果出血量较大，则表现为呕吐鲜血，大部分晚期间质瘤患者会出现体重下降，明显消瘦。晚期间质瘤还很容易出现转移的症状，如果转移到肝脏，转移灶较大时，则可引起右上腹胀痛，如果转移到腹膜，则可表现为腹水。
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