联邦调查局的主要目标是保护和捍卫美国；维护和执行美国刑事法；为联邦、州、市和国际机构及合作组织提供领导和刑事司法服务。
在当前，联邦调查局的首要任务有：
保护美国免受恐怖袭击；
保护美国免受外国情报及间谍活动的侵害；
保护美国免受基於网络的攻击和高科技犯罪；
与各级公共腐败作斗争；
保护公民权利；
打击跨国或国家级犯罪组织及机构；
打击重要的白领犯罪；
打击重大的暴力犯罪；
支持联邦、州、市和国际合作伙伴；
升级技术以实现并进一步成功执行上述任务。
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