第一：目前还没有发现杀灭和抑制病毒的特效药物，所以说疱疹性咽炎没有真正有效的治疗方法。继发化脓性扁桃体炎时，可以用青霉素治疗。
第二：中医治疗，为清热解毒，通常使用复方大青叶合剂、小儿牛黄散等中药。用双料喉风散直接喷雾效果也不错，粉未状的散剂可直接作用于病变的表面，可达到直接消炎止痛的目的。药物还可覆盖溃疡面，减少刺激。不过喷雾时要求病儿合作，张口发出‘啊，的声音，充分暴露咽部，切忌呛着病儿。
第三：保证病儿营养摄入量，勤喂水，给予流食或半流质饮食。保持口腔清洁，进食后要漱口。
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