肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，若治不及时，反复发作，易致瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。脓水外溢，污染衣裤；局部皮肤经常受到刺激，可导致湿疹，瘙痒不止，痛苦万分，影响工作、学习和生活；反复发作，可致身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，从而发作亦越加频繁，形成恶性循环。
由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成支管，发生复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
肛瘘反复发作，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
因此，一旦发生肛瘘，即应到正规医院肛肠专科接受治疗，以免延误病情，造成不良后果。
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