不同基因型的HPV感染可导致不同的临床病变，HPV被分为低危型和高危型。高危型，如HPV16、18、31、51、52等，是与癌及癌前病变相关，而低危型，如HPV6、11、42、43、44等，主要与轻度鳞状上皮内病变和泌尿生殖系统疣、复发性呼吸道息肉等相关。
HPV的型别与子宫颈癌的病理类型相关，子宫颈鳞癌中HPV16感染约为56%，而子宫颈腺癌中HPV18感染率约为56%。HPV的型别有一定的地域差异性，HPV52、58在中国及东亚妇女中检出率是比较高的。
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