在自然界，玛瑙是二氧化硅溶液在火山喷出岩浆冷却后所形成的气孔和空洞中沉淀生成的，宝石见于火山岩或河流冲积砂矿中。由于自然条件的复杂，色彩鲜明、美丽动人的玛瑙还是很少的，而大部分玛瑙石颜色较淡，多呈灰白、灰褐色，条纹不清或不美丽。另外，人们喜欢的绿玛瑙、蓝玛瑙也非常少见。于是，就出现了劣质玛瑙的人工染色，将白玛瑙染成各种颜色。染色工艺好的可以条纹清晰、颜色鲜艳、图案美丽，达到以假乱真的目的。
用人工方法使玛瑙变美的制品叫改色玛瑙。一般有热处理法和化学染色法两种。热处理法是将玛瑙中含有二价铁离子加热氧化变成三价铁，则玛瑙的颜色就会变红，因此也叫“烧红玛瑙”。化学染色法是将色素离子渗透到玛瑙的显微孔隙中，如用铬盐染色剂染成绿色玛瑙，用含钴染色剂染成蓝色玛瑙等。化学染色，先将玛瑙浸泡到染色剂中，然后取出进行热处理，最后形成稳定的颜色。
鉴别改色玛瑙与天然玛瑙，主要是观察玛瑙纹的清晰程度和颜色分布状况，以及制作中所发生的物理化学变化。
热处理玛瑙，在烧制后颜色变红变鲜艳，光泽增强，但是焙烧使颜色加浓，其总体颜色相对均一，玛瑙纹色带的边缘多呈渐变关系，界线模糊，没有天然玛瑙的红白分明。天然红玛瑙在红色、桔红色条带处放大观察可见密集排列的红色小斑点，而焙烧后小斑点消失或不清楚。玛瑙在烧制后，脆性增大，硬度降低，其中暗色星点状包体趋向均一化，气液包体破裂，都是烧制留下的痕迹。应当指出，烧制红玛瑙的其它物理化学性质无明显变化，所形成的红色稳定，不会褪色，使用者无需担心。
化学染色玛瑙，其外加颜色已渗入到隐晶质石英颗粒和显微孔隙之中。有色离子扩散到玛瑙孔隙后，经过了加热处理，已形成了新的有色物质，因此颜色也稳定下来。化学染色的玛瑙无论是红、绿、蓝色，都色彩鲜艳，色调纯正，染色后不怕水、不怕热，不怕晒、不退色。
一、从大体上鉴别玛瑙。
人们对玛瑙质量和经济价值的评判，一般都是以肉眼识别作为主要手段，尽管现代科学技术发达，各种玉石鉴定仪器很多，但在交易过程中使用这些仪器一是很不方便，二是不能解决问题，原因很简单，会受到环境的局限，若判断玛瑙的优劣及经济价值，那仪器就毫无用途了。交易现场不可能进行复杂仪器作业，所以肉眼鉴别始终是一种极其重要的方法。玛瑙种类繁多，素有“千样玛瑙万种玉”之说，所以鉴别方法也很多，通常以纹带、颜色、透明度、裂纹、杂质、砂心和块重为分级标准，除水胆玛瑙最为珍贵外，一般以搭配和谐的俏色原料为佳品。玛瑙是常用于镶嵌首饰和雕刻工艺品的一种宝石。
二、从细节上鉴别玛瑙。
目前市场上还出现了大量的假玛瑙，主要产品是合成玛瑙，有玻璃的、塑料的、石质的等等，虽然它的纹理、色泽度与天然玛瑙相媲美，但却不具经济价值。售卖者妄想鱼目混珠，行家看后必嗤之以鼻，所以爱好者欲收藏或玩赏时，就应小心分辨了，主要的鉴别方法有：
1、花纹和颜色。真玛瑙色泽鲜明光亮，假玛瑙的色和光均差一些，二者对比较为明显。天然玛瑙颜色分明，条带花纹十分明显，而仿制的假玛瑙多数颜色艳丽、均一，给人一种假的感觉。
2、质地。假玛瑙多为石料仿制，较真玛瑙质地软，用玉在假玛瑙上可划出痕迹，而真品则划不出。从表面上看，真玛瑙少有瑕疵，劣质则较多。
3、透明度。真玛瑙透明度不如人工合成的好，稍有混沌，有的可看见自然水线或“云彩”，而人工合成的玛瑙透明度好，象玻璃球一样透明。
4、重量。真玛瑙首饰比人工合成的玛瑙首饰重一些。
5、温度。真玛瑙冬暖夏凉，而人工合成玛瑙随外界温度而变化，天热它也变热，天凉它也变凉。