1、成藏过程不同：常规天然气从烃源岩生成后，经过一定距离的初次运移和二次运移，聚集在储层中，运移方向受水动力场控制，即天然气主要受浮力和流体压力驱动；煤层气从煤源岩生成后直接被煤储层吸附，其聚集受温压场而非水动力场控制。
2、气藏边界不同：常规天然气有明显的气藏边界，气藏边界内外气体含量有“有”和“无”的质变；煤层气藏与常规天然气藏最大的区别之一是气藏的边界是不确定的。只要有煤，煤层气就存在。在一定的地质条件下，煤层气相对富集，形成煤层气藏。因此，它是煤层气藏内外气体丰度的差异，而不是有气与无气的差异。
3、流体状态不同：常规天然气藏和煤层气藏都有气相和水相，但处于不同的状态：常规天然气藏一般以气相为主，即储集空间被游离气相占据，有少量束缚水，主要以边水和底水形式存在于气藏边缘和底部，具有统一的气水界面；而煤储层中的大孔隙空间主要被水占据，其中含有一定量的溶解气，部分孔隙存在游离气相。气藏中的气体大部分以吸附相存在，占80%以上，即煤层气藏中存在吸附气、游离气和溶解气三种存在形式。
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