在开始APP渗透测试时，根据需要制定步骤，并向委托方详细说明需要使用的工具、方法等。具体操作时，会把渗透测试分成三个部分和阶段，不同的角度使区别的方法有所不同，例如在理论上把渗透测试分为准备阶段、渗透测试阶段、整体对比与评估阶段，而在技术操作上分为探测、攻击渗透、目标权限获取三个阶段。
在具体的实施过程中要考虑以下因素：委托方规模、网络分布、系统组成。本课程的测试目的、范围、时间、地点、人员信息、风险规避的方法、整体计划、过程等都有详细的说明。整个测试由信息采集检测、漏洞扫描和渗透攻击三个部分组成，其中以信息采集、漏洞扫描、渗透攻击为主。
(1)探测阶段：采用市场上主要的软件和工具，分别在两个不同的APP上进行测试，得出结果后进行对比，然后在自动渗透测试集成系统中设计探测模块。
(2)漏洞扫描阶段：主要利用扫描工具，对网站进行扫描，获取漏洞信息，总结扫描出的漏洞，总结各种扫描工具的优缺点，以供自动渗透测试集成系统中扫描模块设计参考。
(3)渗透阶段：采用终端操作和图形界面操作两种方式，渗透到APP，找出APP存在的安全问题，对测试结果进行详细分析，修复存在的安全问题和漏洞后，设计自动化集成测试系统的渗透攻击模块。
(4)自动渗透测试阶段：自动渗透测试系统的设计和实现，利用该系统对网站进行自动渗透测试，通过与前面单维度方法得出的测试结果进行对比，得出一定结论和两种方法的优缺点，为今后网站的安全维护提供经验。
